Il est bien possible que ça lui rappelle de très mauvais souvenirs d'abandon...
D'où l'intérêt de travailler avec une barrière - qui, au fait, peut être n'importe quoi, un séchoir à linge par exemple :

du moment que le chien ne se sent pas enfermé, et peut te voir de l'autre côté : ce n'est que très progressivement que tu l'habitueras à ne plus pouvoir te rejoindre, puis à ne plus te voir (mais en pouvant te sentir, savoir que tu n'es pas loin), puis à rester calme même si tu n'es plus là (d'où l'intérêt du "je reviens", à dire avec conviction, promesse de non-abandon).
Quant à son rapport à la nourriture... et à son côté pas câlin... ne t'en fais pas : là encore, ça vient probablement de son passage à la SPA.
Jules n'a aucun problème de digestion, mais à part ça, il ressemble assez à ce que tu décris de Néo : réveille-matin avec pour premier souci (avant même de sortir pour ses besoins) de se remplir la panse, et planté à côté de moi avec un air interrogateur, puis réprobateur si je ne réagis pas assez vite, quand c'est l'heure de préparer le repas. Le bruit de la porte du frigo, de la télé que j'allume, de l'ordi que j'éteins le tirent d'un sommeil apparemment profond, parce que ça signifie "on mange bientôt". Quant au simple mot "apéritif", ça le met en transe à l'idée des biscuits qui vont avec.
Et quand je l'ai adopté, pendant plus de 6 mois, j'ai eu un chien pratiquement autiste, ne manifestant aucun sentiment (sauf la faim !) et fuyant les caresses. Il s'est bien rattrapé, depuis, pour les câlins...
Alors, courage : si j'y suis arrivée, tu y arriveras !